Następcą zmarłego w grudniu Aleksego II został metropolita smoleński i kaliningradzki – Cyryl, który od 6 grudnia był strażnikiem patriarszego tronu. Jego intronizacja odbyła się w niedzielny poranek 1-go lutego.


W cerkwi Przemienienia Pańskiego – dolnej świątyni katedralnego soboru Chrystusa Zbawiciela w Moskwie – 27 stycznia 2009, o godz. 8:00 czasu moskiewskiego, rozpoczęła się Boska Liturgia, która poprzedziła pierwsze posiedzenie rozpoczynającego się Soboru Pomiestnego Rosyjskiej Cerkwi Prawosławnej.

25 stycznia Sobór Biskupów przedstawił listę kandydatów do patriarszego tronu. Znaleźli się na niej: metropolita smoleński i kaliningradzki – Cyryl, kałuski i borowski – Klemens oraz miński i słucki – Filaret.
Metropolita Filaret, stojący na czele Białoruskiej Cerkwi Prawosławnej, 27 stycznia skorzystał z prawa do wycofania się z wyborów, prosząc swoich zwolenników o poparcie Cyryla.

Warunki:
Kandydat na patriarchę musiał: być hierarchą Cerkwi, mieć co najmniej 40 lat, posiadać wykształcenie teologiczne, przestrzegać prawa kanonicznego, posiadać doświadczenie w kierowaniu eparchialnymi strukturami i cieszyć się nieskazitelną opinią. Kryteria te spełniało 145 biskupów.

Sobór Pomiestny zgromadził ponad 700 delegatów: biskupów, duchownych, osób zakonnych i świeckich ze wszystkich rosyjskich diecezji w Rosji i za granicą. Pierwszym elementem było zadecydowanie o sposobie wyboru – wybrano tajne głosowanie.

Po podliczeniu głosów, tymczasowy strażnik patriarszego tronu – metropolita Cyryl – otrzymał 508 głosów, a na metropolitę Klemensa głosowało 169 delegatów.

Uważany od początku za najpoważniejszego rywala – 59-letni metropolita Klemens – kieruje Wydziałem Administracyjnym Patriarchatu Moskiewskiego, zarządza majątkiem i finansami Cerkwi. Podlegają mu również patriarsza kancelaria, archiwum i biblioteka.

Zakończony Sobór był z kilku powodów historycznym. Po raz pierwszy biorą w nim udział kobiety, które stanowiły jedną dziesiątą delegatów. Były to głównie matki przełożone żeńskich klasztorów oraz pracownice eparchialnych instytucji cerkiewnych. Pamiętając, że kobiety nie wybierały na historycznym już Pomestnym Soborze 1917-1918, Sobór 2009 należy w tym momencie uznać przełomowym w planie demokracji cerkiewnej. Świeccy delegaci również byli ograniczeni w prawach – mieli tylko prawo głosu doradczego, a obecnie głosowali na równi z innymi.

Jest jeszcze inna osobliwość. Rzecz w tym, że obywatele Rosji nie stanowili nawet połowy delegatów na zakończonym Pomiestnym Soborze. Moskiewski Patriarchat jest szczególnie dumny z tego faktu, jako że dowodzi on temu, że Rosyjska Cerkiew Prawosławna, ponad państwowymi granicami, łączy ludzi całego świata. Również, po raz pierwszy w historii, kandydatem na patriarchę mogła być osoba, nie będąca obywatelem Rosji (w 1990 roku obowiązywało prawo, mówiące o tym, że wszyscy kandydaci muszą posiadać obywatelstwo Związku Radzieckiego).


16-ty Patriarcha – Cyryl – urodził się w 1946 roku w rodzinie duchownych w Leningradzie jako Władimir Gundiajew. Od dziecka chciał być duchownym. W 1965 roku, po ukończeniu średniej szkoły, wstąpił do Leningradzkiego Seminarium Duchownego. 3 kwietnia 1969 roku wstąpił do zakonu i przyjął imię: Cyryl. 7 kwietnia został diakonem zakonnym, a 1 czerwca kapłanem zakonnym. W latach1974 - 1984 był na stanowisku rektora Leningradzkiego Seminarium i Akademii Duchownej. W wieku 30 lat, w 1976 roku, został biskupem, a 25 lutego 1991 roku metropolitą smoleńskim i kaliningradzkim. Jest zasłużonym doktorem teologii wielu zagranicznych akademii, zasłużony doktor politologii, rzeczywisty i honorowy członek wielu rosyjskich akademii. Autor ponad 600 publikacji, odczytów, książek.